Hmm.. man kaut kā likās, ka outputs browserim reāli tiks nosūtīts tikai tad, kad, kad skripts savu darbību būs pabeidzis.
Varbūt tagad es sarežģīšu potenciāli vienkāršāk izdarāmu lietu, bet es būtu darījis šādi:
1) Izveido parastu html (kaut vai php, bet doma tāda, ka tas nesatur to tavu php kodu) failu.
2) Šajā failā iekļauj to flash animāciju.
3) Izveido atsevišķu php failu tām ilgajām darbībām.
4) No html faila ar javasctipt xmlhttprequest (xhr) objekta palīdzību izsauc to php skriptu.
5) Kad xmlhttprequest statuss ir 4 (php fails ir beidzis darbu un atgriezis kaut kādu outputu), tad izvāc to flash animāciju (ar JS DOM fjām).
Bet šis variants būtu nedaudz tāds overkill priekš tik vienkāršas lietas :). Un vispār nezinu arī cik ilgi xhr objekts būs gatavs gaidīt atbildi no servera.
PS. Kā arī, atkarībā no auditorijas, vajadzētu kaut kādu graceful degradation izveidot (http://en.wikipedia.org/wiki/Graceful_degradation). Priekš tiem, kam nav JS, vai arī neatbalsta xhr objektu.