Tas nekas. Pārlūkam vienalga kāds paplašinājums ir js failam.
Vienīgi atceries, ka pārlūkiem patīk kešot Javascript failus. Lai tas nenotiktu, jānodrošina, ka URL uz JS vienmēr ir mainīgs. Viens vienkārš variants ir piekabināt dummy parametru, kas visu laiku mainās:
links_uz_js.php?t=<?php echo time(); ?>
Tāpat arī iesaku tad statisko JS daļu izdalīt atsevišķā JS failā, ko pārlūks tad arī varēs kešot.