Manuāli arī tā kā būtu jāmāk lasīt, ne?
Ja php pusē, tad str_replace(array('ā', 'ē', 'ū', .. ), array('a', 'e', 'u' ...), $str);
Ja mysql pusē (tb UPDATE steitmentā), tad UPDATE table SET new_field = REPLACE(REPLACE(...(REPLACE(old_field, 'ā', 'a'), ...), 'ē', 'e'), 'ū', 'u')