Tāpēc, ka JS'ā, tāpat kā PHP5, visi objekti pēc defaultā tiek piešķirti pēc references (pēc pointera). Reāli rindiņa var cits_arr=arr; neuztaisa jaunu masīvu, bet uztaisa tikai jaunu pointeri uz esošo.
var arr = [1,2,3];
var cits_arr = arr.slice(0); // uztaisa pilnu kopiju
var last = cits_arr.pop(); // izvāc pēdējo elementu ārā
alert(cits_arr);
alert(last);
RTFM :)