Ja jau tev ir skaitļi, tad ar viņiem arī darbojies kā ar skaitļiem.
$diff = str_replace(".","",substr($diff/60,0,2)); -> $diff=intval($diff/60); vai $diff=floor($diff/60);
$hour = substr($diff/3600,0,1); -> $hour=intval($diff/3600);
$min = str_replace(".","",substr(($diff - $hour * 3600)/60,0,2)); -> $min=intval(($diff%3600)/60);